【DNA序列查询】NCBI——序列寻找之旅

Pubmed 也是科研人员常用工具之一，其实 NCBI 的功能不仅仅局限在查文献上，其他功能由于用的少，只给大家介绍下基因序列的查找，包括全基因组、CCDS、剪接体等等。

① 打开 NCBI 主页在下拉框里选择 Gene 选项，输入基因名称（p53）

② 搜索结果会有种属的区别，要看清你要的种属（homo）

③ 结果页的右侧是它包含的内容，可以直接选择你要的项，调到那个位置

④ Genomic regeions，transcripts，and products 这个选项中，是以图的形式显示基因序列， 在 tool 中选择 sequence text view，可以弹出碱基序列

⑤ 在碱基序列中，红色区域是外显子，绿色是内含子及基因间序列，鼠标在某个区域停留，就会显示该区的信息。红色框内可以自己试试功能，None 可以不显示蛋白序列，方便拷出序列。Flip strand、go to position 你们都懂得。

⑥ 你如果觉得自己去把外显子拼起来得到CDNA序列的话，那你就out了，在NCBI Reference Sequences (RefSeq)这个选中，有 NG、NM、NP 这些你熟悉或者不熟悉的缩写，mRNA and protein(s)这里面，有剪接体的简介、剪接体之间的不同，有几个就会报道几个，很全。然后，重点是有个CCDS 这个链接，点进去

⑦ 把网页往下翻，你就会看到 CCDS Sequence Data，不同的外显子用不同的颜色区别，点击碱基会用高亮颜色与下面的蛋白序列对应显示。如果需要设计过表达、QPCR 引物，预测蛋白大小，这些就足够了。

至于其他的选项的功能，小伙伴们自己去发掘吧，我也跟着学习。